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停止吡非尼酮治疗有两个主要原因，分别是难以忍受的副作用、缺乏疗效。
使用吡非尼酮治疗的患者报告了许多不同的副作用，绝大多数是胃肠道（恶心、消化不良、腹泻）和皮肤相关事件（皮疹、光敏反应），吡非尼酮也可能改变肝酶，但这很少导致明确停药。临床试验、事后分析、长期安全性研究和现实生活经验清楚地表明，这些副作用通常很轻微，很少导致治疗中断。在大多数情况下，暂时减少末尾剂量也可能允许继续用药。
难以忍受的副作用可以有效减缓功能衰退，但并不代表明确的治愈，迫使临床医生关注如何考虑对治疗的临床反应。临床试验的结果基于 FVC 的纵向评估。不同的当地规则和指南（例如英国国家健康与护理卓越研究所（NICE；英国）指南）建议，如果过去12个月内有疾病进展的证据，则停止使用吡非尼酮。
近期发表的一篇文章分析了吡非尼酮临床试验的数据，重点关注吡非尼酮组和安慰剂组中疾病发生显着进展的患者。6个月后，吡非尼酮组共有 34 名患者（5.5%）和安慰剂组有 68 名患者（10.9%）的 FVC下降≥10%。吡非尼酮组中只有少数患者 (5.9%) 在随后的6个月内 FVC进一步下降≥10%，而安慰剂组中这一比例为27.9%，且仅1例患者死亡 (2.9%)。吡非尼酮组有14 人死亡 (20.6%)，而安慰剂组有 14人死亡。这些数据表明，与安慰剂相比，即使FVC起初下降≥10%的患者也可能受益于吡非尼酮的持续治疗。
因此，除非出于安全问题，否则不应停用抗纤维化药物。当肺功能下降时，需要进行前瞻性随机研究来确定合适选择，是保留相同药物、转换药物还是选择联合治疗。
