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阿奇霉素和阿莫西林都是属于抗生素类的药物，但有一些差异，具体如下：
1、化学结构方面属于不同的类别。阿奇霉素属于大环内酯类抗生素，阿莫西林属于青霉素类抗生素，二者化学结构存在比较大的差异。
2、抗菌机制有所不同。阿奇霉素主要是通过抑制细菌蛋白质的合成发挥抗菌作用，对支原体和衣原体感染具有较好的疗效；阿莫西林主要是通过抑制细菌细胞壁的合成，从而具有抗菌的活性，但对没有细胞壁的支原体、衣原体没有效果。
3、半衰期不同。一般来说，大多数青霉素需要一天给药多次才能起到杀灭细菌的作用，而阿奇霉素每天只要剂量足够，给药一次就可以起到杀灭细菌的作用。
4、疗程不同。青霉素类的抗生素通常14天一个疗程，但阿奇霉素一般是3-5天一个疗程。
5、临床应用时，步骤不同。部分青霉素有过敏现象，需要做皮试；阿奇霉素可直接使用，无需皮试。
如果要使用这两种药物，要在医生的指导下，根据所得的病以及敏感菌的类型，针对性的用药，患者不能盲目滥用。
